Ai sensi del DM Salute del 30 aprile 2020, il Ministero della Salute, tramite apposita cabina di regia, che coinvolge le Regioni e l’Istituto Superiore di Sanità (ISS), raccoglie le informazioni necessarie per la classificazione del rischio di rischio di trasmissione non controllata del virus SARS-CoV-2.
Nel sistema di monitoraggio del livello di rischio sanitario legato alla trasmissione di SARS-CoV-2, il tasso di contagio Rt svolge un ruolo chiave per determinare la classe di rischio di ciascuna Regione. Rt rappresenta il  potenziale di trasmissione, o trasmissibilità, di una malattia infettiva non controllata nel corso del tempo t.
Esistono in letteratura diversi metodi per stimare Rt quando è noto il numero di persone contagiate giorno per giorno. L'algoritmo utilizzato dall'Istituto Superiore di Sanità (ISS) richiama la metodologia sviluppata da Cori et al. (2013)[1] , utilizzando la distribuzione gamma (shape 1.87, media 6.6 giorni) stimata sui dati della Regione Lombardia[2]. In base a tale metodo, il calcolo dell’indice Rt avviene sui dati riferiti ai casi sintomatici relativi al contagio da SARS-CoV-2, inviati dalle Regioni a ISS e, da questi, alla Fondazione Bruno Kessler (FBK) di Trento, per l’esecuzione delle elaborazioni di calcolo.
Di seguito vengono pubblicati i dati inviati a partire dal 2021, settimanalmente, ogni mercoledì, dalla Regione Lombardia a ISS, aggregando per tutte le date di inizio sintomi il conteggio dei casi positivi a SARS-CoV-2 per ognuno degli stati clinici o combinazione di essi possibile.
Attraverso questo collegamento è possibile scaricare il file più recente.

[1] Cori A, Ferguson NM, Fraser C, Cauchemez S. A new framework and software to estimate time varying reproduction numbers during epidemics. American journal of epidemiology. 2013;178(9):1505 12.
[2] D Cereda, M Tirani, F Rovida, V Demicheli, M Ajelli, P Poletti, F Trentini, G Guzzetta, V Marziano, A Barone, M Magoni, S Deandrea, G Diurno, M Lombardo, M Faccini, A Pan, R Bruno, E Pariani, G Grasselli, A Piatti, M Gramegna, F Baldanti, A Melegaro, S Merler. The early phase of the COVID-19 outbreak in Lombardy, Italy. ArXiv:2003.09320v1, 2020.